吴佩衡先生受西汉时期《hg6686皇冠注册开户》重阳理论和东汉《hg888皇冠注册开户》三阴寒化证温阳扶正思想启发，汲取清末著名伤寒医家郑钦安学说之精华，擅用附子治疗阳虚阴寒等证，发展、弘扬扶阳学术于云南，广泛用于内、外、妇、儿等常见病及疑难危重病的诊治，特色鲜明、疗效确切，开创了云南省经方学理，编著有《hg888皇冠注册开户》《hg6686皇冠注册开户》《hg888皇冠注册开户》《hg888皇冠注册开户》《hg888皇冠注册开户》《hg888皇冠注册开户》等多部著作。历代流派传承人在继承的基础上，结合临床实践提出新观点，开展相关研究，开发系列医院制剂，丰富了风湿病、外感病、脾胃病及其他中医内科疑难杂症治疗的理论和实践，切实提高了中医药临床诊疗水平。初步构建了能够按照中医药规律开展较高水平研究的科研、培养高层次中医药人才及新一代名中医的良好平台；形成了基本符合中医药特点、有利于中医药特色优势发挥的多种运行机制、组织模式，以及符合中医药科学研究特点的微观科研机制。
基本学术思想内容：
1、以扶阳为治疗阳虚阴寒证之本
吴佩衡扶阳学术思想特别强调阳气在人体生命过程中的首要作用，认为阳气是人体生理功能活动的原动力，并依据《hg6686皇冠注册开户》“阳生阴长，阳杀阴藏”等阴阳互根的基本理论，提出在疾病后期，出现阳或阴阳俱虚的情况时，须以“回阳”为第一要义。对阳虚阴寒证的治疗经验尤为丰富，极为尊崇《hg888皇冠注册开户》“温扶阳气”的治疗大法，对人体须当保存“元气”的重要意义有深刻体会，主张对阳虚阴寒证的治疗，必须抓住“温扶先天心肾阳气”这个主要环节，方能获得阳复阴退，克敌制胜的效果。对扶阳祛寒的治法和用药，主张宜温而不宜补，温则气血流通，补则寒湿易滞而制肘，不利于寒湿的祛除，临床上很少用滋补药品,采用四逆汤、通脉四逆汤、白通汤、麻黄附子细辛汤等扶阳散寒之剂,治愈许多阳虚阴寒病证,时值阴寒危笃重证,敢于以温热大剂力挽沉疴。
2、重视先天心肾与后天脾胃的辨证关系
吴佩衡先生受明代医家李中梓“肾为先天之本，脾为后天之本”学术观点的启发，十分重视先天心肾与后天脾胃的相互关系，并将其喻为母子关系。
在生理上，先天心肾是人身元气之源，后天牌胃是滋养之源，心阳旺盛则心肾相交，水火既济，元气得以生生不息，脾胃得此真元之气以腐熟水谷，运化精微，营养五脏六腑，密腠理，温肌肤，实四肢。而脾胃化生之精气又源源不断地供给心肾，心阳充沛则肾水潜伏而肾脏温，肾水上升而心脏凉，是以水火既济而内脏安谧，人体健壮。在病理方面，心阳衰弱，则水火不济，内脏失调，人体衰弱，外邪侵袭。
在治疗上，主张扶正祛邪以助少火，以温肾健脾之法温少火以扶真元，先后天并固。常用四逆汤、桂附理中汤与通脉四逆汤等附、姜、草三味为主的方剂作为先后天脾肾兼顾之方，用以治疗寒湿、虚寒之沉疴疾，疗效十分显著。
3、精辨寒热，审证准确
从寒证、热证的各种临床表现,归纳了寒热辨证的基本要领,即热证为“身轻恶热,张目不眠,声音宏亮,口臭气粗”;寒证为“身重恶寒,目瞑嗜卧,声低息短,少气懒言”。真热证烦渴喜冷饮,口气蒸手,真寒证则口润不渴,或渴喜热饮而不多,口气不蒸手。临床上不论患者症状如何烦杂多变,疑似隐约,通过全面诊察之后,以此做为指导辨证的要领,则热证、寒证不难以确立,在他的临床治验中,始终贯穿着这个精神。
4、主张早用四逆诸方，扶阳固本
对于运用四逆汤的体会，认为该方不仅能治太阳以及三阴寒化证，得其要者，一方可治数百种病，因病加减，其功用更为无穷。主张一切阳虚阴盛之病皆可用此方，若出当用而用之不早，则恐追之不及。即擅用四逆汤，不仅将其用于阳虚阴寒证已成之后，更重要的是善于抓住时机，早期治疗，使疗效更为显著。诸如对麻疹患儿的治疗，不拘泥于常规的升提透疹及清热解毒之法独树一帜。认为小儿非纯阳而是稚阳之体，不宜过于表散，必须辨其寒热虛实而随证施治。对某些证情确属寒或过用寒凉而致疹毒内陷转为阴证的患儿，分别投以四逆汤加味，或麻辛附子汤，或小青龙汤加附子而治愈。此可谓开创了中医学中使用温热重剂治疗麻疹的先河，非常值得后人深入研究并加以总结提高。
5、由博返约，推崇中药十大“主帅”
在谙熟医圣张仲景用药特点及组方规律的基础上，推出了中药十大“主帅”，即附子、干姜、肉桂、麻黄、桂枝、细辛、石膏、大黄、芒硝、黄连。因此十味中药性能峻猛，临床医者多惧怕用之，即便使用，量也甚微，对于危重病证实难奏效。流派创始人吴佩衡先生认为用药如用兵，药不胜病，犹兵不胜敌。能否胜敌，应视善不善用兵而定。他指出古人所谓“人参杀人无过，附子大黄救人无功”的偏见，以强调使用药物的关键在于辨清寒热虚实，当用不当用。只要辨证准确，配伍得当，不仅治疗一般疾病效如桴鼓，而且对于多数疑难重证及沉疴痼疾亦可奏效。在历代传承人临床诊治中，中药十大“主帅”对于中医急症、顽症等危重病证的救治，起到了药到病除的作用，且经济实惠。
6、善用经方，重用、巧用附子
流派创始人吴佩衡先生以擅用经方著称，其中在四逆汤及其类方的附子方药的运用尤为突出，素有“吴附子”的美誉。附子被誉为“百药之长”，通行十二经，具有回阳救逆、补火助阳，温阳散寒止痛等功效，吴佩衡先生将其列为“中药十大主帅”之首。吴佩衡先生对附子一药,较有研究,在临床应用方面,具有独到之处,据他多年临证体验,只要谙熟附子的药性,配伍及用量适宜,炮炙煎煮得法,且不违背辨证论治的精神,则其应用范围甚广。对于因附子煎煮不透而发生乌头碱毒性反应者,他用煎透的附子水或四逆汤加肉桂予与解救,收到显著的效果,这是他匠心独运的一种突破和创新。
7、外感早治，谨防传变
对外感病的治疗,首先注重表证的及时处理,强调贵在早治、急治，以免导致病邪传变入里之患，此即“善治者,治皮毛”的用意。主张伤寒表证初起，切实地把握住“太阳”这一关，采用桂枝汤、麻黄汤、麻黄杏仁甘草石膏汤或麻黄附子细辛汤等方剂分别施治，对证下药，往往一汗而解，并且根据人体正气的强弱，感邪的轻重，在方药的配伍及剂量增减上灵活掌握，权衡变通，使之能多发汗、少发汗、微似汗出、不令汗出或反收虚汗，一方数用，均能奏效而不伤正。
8、在继承的基础上，结合临床实践提出新观点，开发了扶阳温针、扶阳灸、扶阳熨、扶阳罐、扶阳熏蒸、扶阳熏洗、扶阳药浴、扶阳泥疗、扶阳膏方、扶阳穴位贴敷、扶阳中药封包、扶阳膏方等一系列“吴氏中医扶阳疗法”外治技术体系及中药制剂，形成了扶阳序贯疗法、内外合治，疗效显著。